Группа была основана в конце 1995 года Джоном Хаумом (John Haughm) и Шейном Брюером (Shane Breyer) после распада дум/дэт-метал проекта Aeolachrymae. Этот распад, кроме Agalloch, породил ещё два проекта: Susurrus Inanis и Nothing. Летом 1996 года к группе присоединился второй гитарист и клавишник Дон Андерсон (Don Anderson). Осенью 1996 года группа записала дебютную демо-запись From Which of This Oak. После выпуска этого диска (1997) в состав группы вошёл бас-гитарист Джейсон Уильям Уолтон (Jason William Walton). В начале 1998 года группой был записан промо-диск для звукозаписывающих компаний, который позволил заключить контракт с The End Records. И в январе 1999 года Agalloch приступили к записи дебютного альбома Pale Folklore, который вышел в июне 1999 года. В дальнейшем к группе присоединился барабанщик Крис Грин (Chris Greene). В 2001 году из группы ушёл клавишник Шейн Брейер. В 2001 был записан получасовой диск «Of Stone, Wind and Pillor» — сборник неизданных материалов с 1998 по 2001 годы. Он также включал кавер-версию песни Kneel to the Cross группы Sol Invictus. Этот кавер также появлялся на двухдисковом трибьюте на Sol Invictus — Sol Lucet Omnibus. Последней полноценной работой группы, на сегодняшний день, является альбом The Mantle, выпущенный в 2002 году под лейблом Prophecy Productions/The End Records. Его запись была начата в ноябре 2001 года, а закончена в апреле 2002. Имеется лицензионный релиз альбома в России от [CD-MAXIMUM]. В 2004 году появился двадцатиминутный EP-диск The Grey. Он состоит из электронной, полностью переработанной песни The Lodge с альбома The Mantle и ремикса песни Odal с того же альбома, сделанного группой Nothing. По словам Дона Андерсона, не стоит интерпретировать эту запись как основное направление развития группы в будущем. В 2004 году также вышел совместный проект с группой Nest, куда была включена песня The Wolves of Timberline группы Agalloch. В августе 2006 года вышел третий полноформатный альбом группы, Ashes Against the Grain. Он получил хорошие отзывы у поклонников группы и музыкальных критиков.